Solution 1 :
Deux suggestions :MolCalc :Calculer les propriétés > Polarité et solvatation vous donne un tracé de surface 3D avec le potentiel électrostatique superposé.
Une autre suggestion est Avogadro/GAMESS/MacMolPlt. Voir par exemple ici
Solution 2 :
Vous avez besoin de (certaines) connaissances de base et des outils pour
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générer un fichier d'entrée avec les coordonnées de votre molécule et commander les calculs à effectuer
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lancer le calcul
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post-traiter les résultats
Tous les outils sont là ! À moins que vous n'ayez accès aux suites disponibles dans le commerce via votre établissement, je vous suggère d'utiliser celles qui sont gratuites (comme dans la bière gratuite et la liberté d'expression). En fait, certains de ces outils gratuits sont un bon choix dans tous les cas !
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Les fichiers d'entrée peuvent être générés à l'aide d'Avogadro, Molden, Gabedit ou wxmacmolplt
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Vous pouvez effectuer vos calculs en utilisant NWChem, MPQC (les deux sont dans les dépôts de chaque distribution Linux récente) ou GAMESS-US, qui peuvent être téléchargés après l'enregistrement. De plus, il existe pyscf et PyQuante, que vous avez mentionnés dans votre question.
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La plupart des outils utilisés pour générer les fichiers d'entrée peuvent également être utilisés pour le post-traitement.
Pour citer le slogan d'une entreprise de chaussures :
Faites-le !
Solution 3 :
Dans pyscf, nous exécutons régulièrement molden.py pour générer un fichier molden et tracer la surface orbitale avec Jmol. Il ne devrait pas être trop difficile d'écrire un petit script pour générer une densité ou une autre surface de charge, puis de tracer la surface avec Jmol. Les fonctions de base dont vous avez probablement besoin doivent être très proches des fonctions utilisées par le module dft, telles que eval_ao, eval_rho.
Dans la récente version de Pyscf alpha 2, un script pyscf/tools/cubegen.py a été ajouté pour générer le format de fichier de cube gaussien. Dans ma machine Linux, la densité semble correcte dans Jmol. Vous pouvez l'utiliser comme exemple pour générer d'autres formats Jmol.
Solution 4 :
Si vous ne cherchez pas à réellement apprendre ces calculs et que vous avez juste besoin des courbes de niveau, vous pouvez utiliser Arguslab.
Cela vous donnera des graphiques illustratifs des orbitales ainsi que la densité électronique totale. Ils ne seront pas super précis mais ils seront rapides.
